A Clínica de Malformações Congênitas do CEIR atende pacientes portadores das seguintes patologias: artrogripose múltipla congênita, osteogenesis imperfecta, deficiência congênita do fêmur, amelias, hemimelias, tibial, fibular, radial, ulnar e outras síndromes genéticas com acometimento músculo-esquelético.
A Clínica oferece tratamento multidisciplinar com os seguintes profissionais: médicos, fisioterapeutas, terapeutas ocupacionais, fonoaudiólogas, psicólogas, pedagogas, professoras, técnicos em órteses e próteses, assistentes sociais etc.